Low-frequency and rare exome chip variants associate with fasting glucose and type 2 diabetes susceptibility - CEA - Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Communications Année : 2015

Low-frequency and rare exome chip variants associate with fasting glucose and type 2 diabetes susceptibility

Jennifer Wessel , Audrey Y Chu (1) , Sara M Willems (2) , Shuai Wang (3) , Hanieh Yaghootkar , Jennifer A Brody (4) , Marco Dauriz (5) , Marie-France Hivert (6, 7) , Sridharan Raghavan , Leonard Lipovich (8, 9) , Bertha Hidalgo , Keolu Fox , Jennifer E Huffman (10) , Ping An (11) , Yingchang Lu (12) , Laura J Rasmussen-Torvik (13) , Niels Grarup (14) , Margaret G Ehm , Li Li (15) , Abigail S Baldridge , Alena Stančáková , Ravinder Abrol , Céline Besse (16) , Anne Boland (16) , Jette Bork-Jensen , Myriam Fornage , Daniel F Freitag , Melissa E Garcia , Xiuqing Guo , Kazuo Hara , Aaron Isaacs , Johanna Jakobsdottir , Leslie A Lange , Jill C Layton , Man Li , Jing Hua Zhao , Karina Meidtner , Alanna C Morrison , Mike A Nalls , Marjolein J Peters , Maria Sabater-Lleal , Claudia Schurmann , Angela Silveira , Albert V Smith , Lorraine Southam , Marcus H Stoiber , Rona J Strawbridge , Kent D Taylor , Tibor V Varga , Kristine H Allin , Najaf Amin , Jennifer L Aponte , Tin Aung , Caterina Barbieri , Nathan A Bihlmeyer , Michael Boehnke , Cristina Bombieri , Donald W Bowden , Sean M Burns , Yuning Chen , Yii-Der I Chen , Ching-Yu Cheng , Adolfo Correa , Jacek Czajkowski , Abbas Dehghan , Georg B Ehret , Gudny Eiriksdottir , Stefan A Escher , Aliki-Eleni Farmaki , Mattias Frånberg , Giovanni Gambaro , Franco Giulianini , William A Goddard , Anuj Goel , Omri Gottesman , Megan L Grove , Stefan Gustafsson , Yang Hai , Göran Hallmans , Jiyoung Heo , Per Hoffmann , Mohammad K Ikram , Richard A Jensen , Marit E Jørgensen , Torben Jørgensen , Maria Karaleftheri , Chiea C Khor , Andrea Kirkpatrick , Aldi T Kraja , Johanna Kuusisto , Ethan M Lange , I T Lee , Wen-Jane Lee , Aaron Leong , Jiemin Liao , Chunyu Liu , Yongmei Liu , Cecilia M Lindgren , Allan Linneberg , Giovanni Malerba , Vasiliki Mamakou , Eirini Marouli , Nisa M Maruthur , Angela Matchan , Roberta Mckean-Cowdin , Olga Mcleod , Ginger A Metcalf , Karen L Mohlke , Donna M Muzny , Ioanna Ntalla , Nicholette D Palmer , Dorota Pasko , Andreas Peter , Nigel W Rayner , Frida Renström , Ken Rice , Cinzia F Sala , Bengt Sennblad , Ioannis Serafetinidis , Jennifer A Smith , Nicole Soranzo , Elizabeth K Speliotes , Eli A Stahl , Kathleen Stirrups , Nikos Tentolouris , Anastasia Thanopoulou , Mina Torres , Michela Traglia , Emmanouil Tsafantakis , Sundas Javad , Lisa R Yanek , Eleni Zengini , Diane M Becker , Joshua C Bis , James B Brown , L Adrienne Cupples , Torben Hansen , Erik Ingelsson , Andrew J Karter , Carlos Lorenzo , Rasika A Mathias , Jill M Norris , Gina M Peloso , Null- H Sheu , Daniela Toniolo , Dhananjay Vaidya , Rohit Varma , Lynne E Wagenknecht , Heiner Boeing , Erwin P Bottinger , George Dedoussis , Panos Deloukas , Ele Ferrannini , Oscar H Franco , Paul W Franks , Richard A Gibbs , Vilmundur Gudnason , Anders Hamsten , Tamara B Harris , Andrew T Hattersley , Caroline Hayward , Albert Hofman , Jan-Håkan Jansson , Claudia Langenberg , Lenore J Launer , Daniel Levy , Ben A Oostra , Christopher J O’donnell , Stephen O’rahilly , Sandosh Padmanabhan , James S Pankow , Ozren Polasek , Michael A Province , Stephen S Rich , Paul M Ridker , Igor Rudan , Matthias B Schulze , Blair H Smith , André G Uitterlinden , Mark Walker , Hugh Watkins , Tien Y Wong , Eleftheria Zeggini , Stephen J Sharp , Nita G Forouhi , Nicola D Kerrison , Debora Me Lucarelli , Matt Sims , Inês Barroso , Mark I Mccarthy , Larraitz Arriola , Beverley Balkau (17) , Aurelio Barricarte , Carlos Gonzalez , Sara Grioni , Rudolf Kaaks , Timothy J Key , Carmen Navarro , Peter M Nilsson , Kim Overvad , Domenico Palli , Salvatore Panico , J Ramón Quirós , Olov Rolandsson , Carlotta Sacerdote , Nadia Slimani (18) , Anne Tjonneland , Rosario Tumino , Daphne L van der A , Yvonne T van der Schouw , Elio Riboli , Markku Laakso , Ingrid B Borecki , Daniel I Chasman , Oluf Pedersen , Bruce M Psaty , E Shyong Tai , Cornelia M van Duijn , Nicholas J Wareham , Dawn M Waterworth , Eric Boerwinkle , W H Linda Kao , Jose C Florez , Ruth J F Loos , James G Wilson , Timothy M Frayling , David S Siscovick , Josée Dupuis , Jerome I Rotter , James B Meigs , Robert A Scott (19) , Mark O Goodarzi (20)
Jennifer Wessel
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Hanieh Yaghootkar
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Sridharan Raghavan
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Bertha Hidalgo
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Keolu Fox
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Yingchang Lu
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Abigail S Baldridge
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Myriam Fornage
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Melissa E Garcia
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Xiuqing Guo
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Aaron Isaacs
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Johanna Jakobsdottir
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Man Li
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Jing Hua Zhao
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Alanna C Morrison
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Mike A Nalls
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Marjolein J Peters
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Claudia Schurmann
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Lorraine Southam
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Marcus H Stoiber
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Tibor V Varga
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Kristine H Allin
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Donald W Bowden
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Yuning Chen
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Yii-Der I Chen
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Ching-Yu Cheng
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Adolfo Correa
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Jacek Czajkowski
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Georg B Ehret
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William A Goddard
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Stefan Gustafsson
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Yang Hai
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Mohammad K Ikram
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Richard A Jensen
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Marit E Jørgensen
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Maria Karaleftheri
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Johanna Kuusisto
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Wen-Jane Lee
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Jiemin Liao
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Chunyu Liu
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Cecilia M Lindgren
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Allan Linneberg
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Giovanni Malerba
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Olga Mcleod
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Ginger A Metcalf
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Karen L Mohlke
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Ioanna Ntalla
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Bengt Sennblad
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Ioannis Serafetinidis
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Jennifer A Smith
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Elizabeth K Speliotes
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Nikos Tentolouris
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Anastasia Thanopoulou
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Michela Traglia
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Lisa R Yanek
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Eleni Zengini
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Joshua C Bis
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James B Brown
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L Adrienne Cupples
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Torben Hansen
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Erik Ingelsson
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Andrew J Karter
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Carlos Lorenzo
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Rasika A Mathias
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Jill M Norris
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Gina M Peloso
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Null- H Sheu
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Daniela Toniolo
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Oscar H Franco
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Vilmundur Gudnason
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Andrew T Hattersley
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Jan-Håkan Jansson
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Ben A Oostra
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Christopher J O’donnell
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Stephen O’rahilly
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Timothy M Frayling
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David S Siscovick
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Résumé

Fasting glucose and insulin are intermediate traits for type 2 diabetes. Here we explore the role of coding variation on these traits by analysis of variants on the HumanExome BeadChip in 60,564 non-diabetic individuals and in 16,491 T2D cases and 81,877 controls. We identify a novel association of a low-frequency nonsynonymous SNV in GLP1R (A316T; rs10305492; MAF=1.4%) with lower FG (β=−0.09±0.01 mmol l−1, P=3.4 × 10−12), T2D risk (OR[95%CI]=0.86[0.76–0.96], P=0.010), early insulin secretion (β=−0.07±0.035 pmolinsulin mmolglucose−1, P=0.048), but higher 2-h glucose (β=0.16±0.05 mmol l−1, P=4.3 × 10−4). We identify a gene-based association with FG at G6PC2 (pSKAT=6.8 × 10−6) driven by four rare protein-coding SNVs (H177Y, Y207S, R283X and S324P). We identify rs651007 (MAF=20%) in the first intron of ABO at the putative promoter of an antisense lncRNA, associating with higher FG (β=0.02±0.004 mmol l−1, P=1.3 × 10−8). Our approach identifies novel coding variant associations and extends the allelic spectrum of variation underlying diabetes-related quantitative traits and T2D susceptibility.
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Jennifer Wessel, Audrey Y Chu, Sara M Willems, Shuai Wang, Hanieh Yaghootkar, et al.. Low-frequency and rare exome chip variants associate with fasting glucose and type 2 diabetes susceptibility. Nature Communications, 2015, 6 (5897), ⟨10.1038/ncomms6897⟩. ⟨cea-04601787⟩
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