Low-frequency and rare exome chip variants associate with fasting glucose and type 2 diabetes susceptibility
Jennifer Wessel
,
Audrey Y Chu
(1)
,
Sara M Willems
(2)
,
Shuai Wang
(3)
,
Hanieh Yaghootkar
,
Jennifer A Brody
(4)
,
Marco Dauriz
(5)
,
Marie-France Hivert
(6, 7)
,
Sridharan Raghavan
,
Leonard Lipovich
(8, 9)
,
Bertha Hidalgo
,
Keolu Fox
,
Jennifer E Huffman
(10)
,
Ping An
(11)
,
Yingchang Lu
(12)
,
Laura J Rasmussen-Torvik
(13)
,
Niels Grarup
(14)
,
Margaret G Ehm
,
Li Li
(15)
,
Abigail S Baldridge
,
Alena Stančáková
,
Ravinder Abrol
,
Céline Besse
(16)
,
Anne Boland
(16)
,
Jette Bork-Jensen
,
Myriam Fornage
,
Daniel F Freitag
,
Melissa E Garcia
,
Xiuqing Guo
,
Kazuo Hara
,
Aaron Isaacs
,
Johanna Jakobsdottir
,
Leslie A Lange
,
Jill C Layton
,
Man Li
,
Jing Hua Zhao
,
Karina Meidtner
,
Alanna C Morrison
,
Mike A Nalls
,
Marjolein J Peters
,
Maria Sabater-Lleal
,
Claudia Schurmann
,
Angela Silveira
,
Albert V Smith
,
Lorraine Southam
,
Marcus H Stoiber
,
Rona J Strawbridge
,
Kent D Taylor
,
Tibor V Varga
,
Kristine H Allin
,
Najaf Amin
,
Jennifer L Aponte
,
Tin Aung
,
Caterina Barbieri
,
Nathan A Bihlmeyer
,
Michael Boehnke
,
Cristina Bombieri
,
Donald W Bowden
,
Sean M Burns
,
Yuning Chen
,
Yii-Der I Chen
,
Ching-Yu Cheng
,
Adolfo Correa
,
Jacek Czajkowski
,
Abbas Dehghan
,
Georg B Ehret
,
Gudny Eiriksdottir
,
Stefan A Escher
,
Aliki-Eleni Farmaki
,
Mattias Frånberg
,
Giovanni Gambaro
,
Franco Giulianini
,
William A Goddard
,
Anuj Goel
,
Omri Gottesman
,
Megan L Grove
,
Stefan Gustafsson
,
Yang Hai
,
Göran Hallmans
,
Jiyoung Heo
,
Per Hoffmann
,
Mohammad K Ikram
,
Richard A Jensen
,
Marit E Jørgensen
,
Torben Jørgensen
,
Maria Karaleftheri
,
Chiea C Khor
,
Andrea Kirkpatrick
,
Aldi T Kraja
,
Johanna Kuusisto
,
Ethan M Lange
,
I T Lee
,
Wen-Jane Lee
,
Aaron Leong
,
Jiemin Liao
,
Chunyu Liu
,
Yongmei Liu
,
Cecilia M Lindgren
,
Allan Linneberg
,
Giovanni Malerba
,
Vasiliki Mamakou
,
Eirini Marouli
,
Nisa M Maruthur
,
Angela Matchan
,
Roberta Mckean-Cowdin
,
Olga Mcleod
,
Ginger A Metcalf
,
Karen L Mohlke
,
Donna M Muzny
,
Ioanna Ntalla
,
Nicholette D Palmer
,
Dorota Pasko
,
Andreas Peter
,
Nigel W Rayner
,
Frida Renström
,
Ken Rice
,
Cinzia F Sala
,
Bengt Sennblad
,
Ioannis Serafetinidis
,
Jennifer A Smith
,
Nicole Soranzo
,
Elizabeth K Speliotes
,
Eli A Stahl
,
Kathleen Stirrups
,
Nikos Tentolouris
,
Anastasia Thanopoulou
,
Mina Torres
,
Michela Traglia
,
Emmanouil Tsafantakis
,
Sundas Javad
,
Lisa R Yanek
,
Eleni Zengini
,
Diane M Becker
,
Joshua C Bis
,
James B Brown
,
L Adrienne Cupples
,
Torben Hansen
,
Erik Ingelsson
,
Andrew J Karter
,
Carlos Lorenzo
,
Rasika A Mathias
,
Jill M Norris
,
Gina M Peloso
,
Null- H Sheu
,
Daniela Toniolo
,
Dhananjay Vaidya
,
Rohit Varma
,
Lynne E Wagenknecht
,
Heiner Boeing
,
Erwin P Bottinger
,
George Dedoussis
,
Panos Deloukas
,
Ele Ferrannini
,
Oscar H Franco
,
Paul W Franks
,
Richard A Gibbs
,
Vilmundur Gudnason
,
Anders Hamsten
,
Tamara B Harris
,
Andrew T Hattersley
,
Caroline Hayward
,
Albert Hofman
,
Jan-Håkan Jansson
,
Claudia Langenberg
,
Lenore J Launer
,
Daniel Levy
,
Ben A Oostra
,
Christopher J O’donnell
,
Stephen O’rahilly
,
Sandosh Padmanabhan
,
James S Pankow
,
Ozren Polasek
,
Michael A Province
,
Stephen S Rich
,
Paul M Ridker
,
Igor Rudan
,
Matthias B Schulze
,
Blair H Smith
,
André G Uitterlinden
,
Mark Walker
,
Hugh Watkins
,
Tien Y Wong
,
Eleftheria Zeggini
,
Stephen J Sharp
,
Nita G Forouhi
,
Nicola D Kerrison
,
Debora Me Lucarelli
,
Matt Sims
,
Inês Barroso
,
Mark I Mccarthy
,
Larraitz Arriola
,
Beverley Balkau
(17)
,
Aurelio Barricarte
,
Carlos Gonzalez
,
Sara Grioni
,
Rudolf Kaaks
,
Timothy J Key
,
Carmen Navarro
,
Peter M Nilsson
,
Kim Overvad
,
Domenico Palli
,
Salvatore Panico
,
J Ramón Quirós
,
Olov Rolandsson
,
Carlotta Sacerdote
,
Nadia Slimani
(18)
,
Anne Tjonneland
,
Rosario Tumino
,
Daphne L van der A
,
Yvonne T van der Schouw
,
Elio Riboli
,
Markku Laakso
,
Ingrid B Borecki
,
Daniel I Chasman
,
Oluf Pedersen
,
Bruce M Psaty
,
E Shyong Tai
,
Cornelia M van Duijn
,
Nicholas J Wareham
,
Dawn M Waterworth
,
Eric Boerwinkle
,
W H Linda Kao
,
Jose C Florez
,
Ruth J F Loos
,
James G Wilson
,
Timothy M Frayling
,
David S Siscovick
,
Josée Dupuis
,
Jerome I Rotter
,
James B Meigs
,
Robert A Scott
(19)
,
Mark O Goodarzi
(20)
1
INSP-E6 -
Physico-chimie et dynamique des surfaces
2 Erasmus MC - Erasmus University Medical Center [Rotterdam]
3 CO2GLYCO - Chimie Organique 2-Glycochimie
4 University of Washington [Seattle]
5 UNIVR - Università degli studi di Verona = University of Verona
6 Massachusetts General Hospital [Boston]
7 Department of Medicine
8 Ctr Mol Med & Genet
9 Sch Med, Dept Neurol
10 VA Palo Alto Health Care, Palo Alto, CA
11 WUSTL - Washington University in Saint Louis
12 Brown University
13 [Northwestern University Medical School] - Feinberg School of Medicine [Northwestern University, Evanston]
14 CBMR - Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research
15 MRM - Montpellier Research in Management
16 CNG - Centre National de Génotypage
17 CESP - INSERM U1018 - Equipe 7 - Sexualité et soins (Genre, Sexualité, Santé)
18 CIRC - IARC - Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer
19 CAM - University of Cambridge [UK]
20 Cedars-Sinai Medical Center
2 Erasmus MC - Erasmus University Medical Center [Rotterdam]
3 CO2GLYCO - Chimie Organique 2-Glycochimie
4 University of Washington [Seattle]
5 UNIVR - Università degli studi di Verona = University of Verona
6 Massachusetts General Hospital [Boston]
7 Department of Medicine
8 Ctr Mol Med & Genet
9 Sch Med, Dept Neurol
10 VA Palo Alto Health Care, Palo Alto, CA
11 WUSTL - Washington University in Saint Louis
12 Brown University
13 [Northwestern University Medical School] - Feinberg School of Medicine [Northwestern University, Evanston]
14 CBMR - Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research
15 MRM - Montpellier Research in Management
16 CNG - Centre National de Génotypage
17 CESP - INSERM U1018 - Equipe 7 - Sexualité et soins (Genre, Sexualité, Santé)
18 CIRC - IARC - Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer
19 CAM - University of Cambridge [UK]
20 Cedars-Sinai Medical Center
Jennifer Wessel
- Fonction : Auteur
Hanieh Yaghootkar
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Marie-France Hivert
- Fonction : Auteur
Sridharan Raghavan
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Bertha Hidalgo
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Keolu Fox
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Abigail S Baldridge
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Alena Stančáková
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Jette Bork-Jensen
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Myriam Fornage
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Daniel F Freitag
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Melissa E Garcia
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Xiuqing Guo
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Kazuo Hara
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Aaron Isaacs
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Johanna Jakobsdottir
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Leslie A Lange
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Jill C Layton
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Man Li
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Jing Hua Zhao
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Karina Meidtner
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Alanna C Morrison
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Mike A Nalls
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Marjolein J Peters
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Maria Sabater-Lleal
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Claudia Schurmann
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Angela Silveira
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Albert V Smith
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Marcus H Stoiber
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Rona J Strawbridge
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Kent D Taylor
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Tibor V Varga
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Kristine H Allin
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Najaf Amin
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Jennifer L Aponte
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Tin Aung
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Caterina Barbieri
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Nathan A Bihlmeyer
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Michael Boehnke
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Cristina Bombieri
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Donald W Bowden
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Sean M Burns
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Yuning Chen
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Yii-Der I Chen
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Adolfo Correa
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Abbas Dehghan
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Georg B Ehret
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Gudny Eiriksdottir
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Stefan A Escher
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Aliki-Eleni Farmaki
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Mattias Frånberg
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Giovanni Gambaro
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Franco Giulianini
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William A Goddard
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Anuj Goel
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Omri Gottesman
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Megan L Grove
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Stefan Gustafsson
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Yang Hai
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Göran Hallmans
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Mohammad K Ikram
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Marit E Jørgensen
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Maria Karaleftheri
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Chiea C Khor
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Andrea Kirkpatrick
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Aldi T Kraja
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Ethan M Lange
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Aaron Leong
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Chunyu Liu
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Yongmei Liu
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Cecilia M Lindgren
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Allan Linneberg
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Giovanni Malerba
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Vasiliki Mamakou
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Eirini Marouli
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Angela Matchan
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Roberta Mckean-Cowdin
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Olga Mcleod
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Ginger A Metcalf
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Karen L Mohlke
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Donna M Muzny
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Ioanna Ntalla
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Nicholette D Palmer
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Dorota Pasko
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Andreas Peter
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Frida Renström
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Ken Rice
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Cinzia F Sala
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Bengt Sennblad
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Ioannis Serafetinidis
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Jennifer A Smith
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Elizabeth K Speliotes
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Kathleen Stirrups
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Nikos Tentolouris
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Anastasia Thanopoulou
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Mina Torres
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Michela Traglia
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Emmanouil Tsafantakis
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Sundas Javad
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Matt Sims
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Beverley Balkau
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- PersonId : 1315148
- ORCID : 0000-0003-2021-413X
Aurelio Barricarte
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Daphne L van der A
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Yvonne T van der Schouw
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Markku Laakso
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Ingrid B Borecki
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Oluf Pedersen
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Bruce M Psaty
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E Shyong Tai
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Cornelia M van Duijn
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Nicholas J Wareham
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Dawn M Waterworth
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Eric Boerwinkle
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W H Linda Kao
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Jose C Florez
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Ruth J F Loos
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James G Wilson
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Timothy M Frayling
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David S Siscovick
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Josée Dupuis
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Jerome I Rotter
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James B Meigs
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Robert A Scott
Connectez-vous pour contacter l'auteur
- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 1389417
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Mark O Goodarzi
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- PersonId : 1389418
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Résumé
Fasting glucose and insulin are intermediate traits for type 2 diabetes. Here we explore the role of coding variation on these traits by analysis of variants on the HumanExome BeadChip in 60,564 non-diabetic individuals and in 16,491 T2D cases and 81,877 controls. We identify a novel association of a low-frequency nonsynonymous SNV in GLP1R (A316T; rs10305492; MAF=1.4%) with lower FG (β=−0.09±0.01 mmol l−1, P=3.4 × 10−12), T2D risk (OR[95%CI]=0.86[0.76–0.96], P=0.010), early insulin secretion (β=−0.07±0.035 pmolinsulin mmolglucose−1, P=0.048), but higher 2-h glucose (β=0.16±0.05 mmol l−1, P=4.3 × 10−4). We identify a gene-based association with FG at G6PC2 (pSKAT=6.8 × 10−6) driven by four rare protein-coding SNVs (H177Y, Y207S, R283X and S324P). We identify rs651007 (MAF=20%) in the first intron of ABO at the putative promoter of an antisense lncRNA, associating with higher FG (β=0.02±0.004 mmol l−1, P=1.3 × 10−8). Our approach identifies novel coding variant associations and extends the allelic spectrum of variation underlying diabetes-related quantitative traits and T2D susceptibility.
Origine | Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte |
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Licence |