Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea: Sequencing a Myriad of Type Strains - CEA - Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue PLoS Biology Année : 2014

Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea: Sequencing a Myriad of Type Strains

Nikos C Kyrpides
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Antoine Danchin
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Edward F Delong
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John C Detter
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Paul de Vos
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Timothy J Donohue
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Xiu-Zhu Dong
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Paul Gilna
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Frank Oliver Glöckner
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Janet K Jansson
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David Labeda
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Alla Lapidus
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Jung-Sook Lee
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Juncai Ma
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Christos A Ouzounis
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George Weinstock
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Owen White
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Jun Wang
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Lixin Zhang
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Yu-Guang Zhou
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Dawn Field
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William B Whitman
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George M Garrity
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Résumé

Microbes hold the key to life. They hold the secrets to our past (as the descendants of the earliest forms of life) and the prospects for our future (as we mine their genes for solutions to some of the planet's most pressing problems, from global warming to antibiotic resistance). However, the piecemeal approach that has defined efforts to study microbial genetic diversity for over 20 years and in over 30,000 genome projects risks squandering that promise. These efforts have covered less than 20% of the diversity of the cultured archaeal and bacterial species, which represent just 15% of the overall known prokaryotic diversity. Here we call for the funding of a systematic effort to produce a comprehensive genomic catalog of all cultured Bacteria and Archaea by sequencing, where available, the type strain of each species with a validly published name (currently∼11,000). This effort will provide an unprecedented level of coverage of our planet's genetic diversity, allow for the large-scale discovery of novel genes and functions, and lead to an improved understanding of microbial evolution and function in the environment.
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Citer

Nikos C Kyrpides, Philip Hugenholtz, Jonathan A Eisen, Tanja Woyke, Markus Göker, et al.. Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea: Sequencing a Myriad of Type Strains. PLoS Biology, 2014, 12 (8), pp.e1001920. ⟨10.1371/journal.pbio.1001920⟩. ⟨cea-04646512⟩
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