Integrative omics framework for characterization of coral reef ecosystems from the Tara Pacific expedition
Caroline Belser
(1)
,
Julie Poulain
(2)
,
Karine Labadie
(3)
,
Frederick Gavory
(4)
,
Adriana Alberti
(5, 4)
,
Julie Guy
(3)
,
Quentin Carradec
(4)
,
Corinne Cruaud
(3)
,
Corinne da Silva
(4)
,
Stefan Engelen
(4)
,
Paul Mielle
(6)
,
Aude Perdereau
(3)
,
Gaelle Samson
(3)
,
Shahinaz Gas
(3)
,
Genoscope Technical Team
(3)
,
Christian R Voolstra
(7)
,
Pierre E Galand
(8)
,
J. Michel Flores
(9)
,
Benjamin Cc Hume
(7)
,
Gabriela Perna
(7)
,
Maren Ziegler
(10)
,
Hans-Joachim Ruscheweyh
(11)
,
Emilie Boissin
(12)
,
Sarah Romac
(13)
,
Guillaume Bourdin
(14)
,
Guillaume Iwankow
(12)
,
Clémentine Moulin
(15)
,
David A Paz García
(16)
,
Sylvain Agostini
(17)
,
Bernard Banaigs
(12, 18)
,
Emmanuel Boss
(14)
,
Chris Bowler
(19)
,
Colomban de Vargas
(13)
,
Éric Douville
(20, 21)
,
Didier Forcioli
(22, 23)
,
Paola Furla
(22, 23)
,
Éric Gilson
(22, 23)
,
Fabien Lombard
(24)
,
Stephane Pesant
(25)
,
Stéphanie Reynaud
(26)
,
Shinichi Sunagawa
(11)
,
Olivier Thomas
(27)
,
Romain Troublé
(15)
,
Rebecca Vega Thurber
(28)
,
Didier Zoccola
(26)
,
Claude Scarpelli
(3)
,
E Krame Jacoby
(3)
,
Pedro H Oliveira
(3)
,
Jean-Marc Aury
(4)
,
Denis Allemand
(26)
,
Serge Planes
(12)
,
Patrick Wincker
(4)
1
LBGB -
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
2 LAGE - Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
3 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
4 UMR 8030 - Génomique métabolique
5 I2BC - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
6 CNRGH - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
7 Universität Konstanz
8 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
9 Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël]
10 JLU - Justus-Liebig-Universität Gießen = Justus Liebig University
11 D-BIOL - Department of Biology [ETH Zürich]
12 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
13 SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station
14 University of Maine
15 Tara Expéditions
16 CONACYT-CIBNOR - Centro de Investigaciones Biologicas del Noroeste [Mexico]
17 Université de Tsukuba = University of Tsukuba
18 LabEX CORAIL - Laboratoire d'Excellence CORAIL
19 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
20 LSCE - Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette]
21 GEOTRAC - Géochrononologie Traceurs Archéométrie
22 IRCAN - Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement
23 UniCA - Université Côte d'Azur
24 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
25 EMBL - European Molecular Biology Laboratory
26 CSM - Centre Scientifique de Monaco
27 NUI Galway - National University of Ireland [Galway]
28 OSU - Oregon State University
2 LAGE - Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
3 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
4 UMR 8030 - Génomique métabolique
5 I2BC - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
6 CNRGH - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
7 Universität Konstanz
8 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
9 Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël]
10 JLU - Justus-Liebig-Universität Gießen = Justus Liebig University
11 D-BIOL - Department of Biology [ETH Zürich]
12 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
13 SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station
14 University of Maine
15 Tara Expéditions
16 CONACYT-CIBNOR - Centro de Investigaciones Biologicas del Noroeste [Mexico]
17 Université de Tsukuba = University of Tsukuba
18 LabEX CORAIL - Laboratoire d'Excellence CORAIL
19 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
20 LSCE - Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette]
21 GEOTRAC - Géochrononologie Traceurs Archéométrie
22 IRCAN - Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement
23 UniCA - Université Côte d'Azur
24 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
25 EMBL - European Molecular Biology Laboratory
26 CSM - Centre Scientifique de Monaco
27 NUI Galway - National University of Ireland [Galway]
28 OSU - Oregon State University
Caroline Belser
- Fonction : co premier-auteur
- PersonId : 1146293
- IdHAL : caroline-menguy
- ORCID : 0000-0002-8108-9910
Julie Poulain
- Fonction : co premier-auteur
- PersonId : 756903
- IdHAL : julie-poulain
- ORCID : 0000-0002-8744-3116
- IdRef : 061407232
Karine Labadie
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757912
- ORCID : 0000-0001-7467-8509
- IdRef : 089020235
Frederick Gavory
- Fonction : Auteur
- PersonId : 957145
- IdHAL : frederick-gavory
- ORCID : 0000-0003-1534-5725
Adriana Alberti
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183113
- IdHAL : adriana-alberti
- ORCID : 0000-0003-3372-9423
Quentin Carradec
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183100
- IdHAL : quentin-carradec
- ORCID : 0000-0003-4612-8678
- IdRef : 181215942
Corinne Cruaud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 768749
- ORCID : 0000-0002-4752-7278
Pierre E Galand
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736022
- IdHAL : pierre-galand
- ORCID : 0000-0002-2238-3247
- IdRef : 175353360
Bernard Banaigs
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1082553
Chris Bowler
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1228231
- IdHAL : chris-bowler
- ORCID : 0000-0003-3835-6187
- IdRef : 06874904X
Colomban de Vargas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1196134
- IdHAL : colomban-de-vargas
- ORCID : 0000-0002-6476-6019
- IdRef : 144372401
Paola Furla
- Fonction : Auteur
- PersonId : 855108
Éric Gilson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1074964
Fabien Lombard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 8141
- IdHAL : fabien-lombard
- ORCID : 0000-0002-8626-8782
- IdRef : 108028747
Stéphanie Reynaud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1121589
- ORCID : 0000-0001-9975-6075
- IdRef : 262924668
Didier Zoccola
- Fonction : Auteur
- PersonId : 855074
- ORCID : 0000-0002-1524-8098
- IdRef : 153239379
Claude Scarpelli
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1272396
- ORCID : 0000-0002-2458-9775
Pedro H Oliveira
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1222606
- IdHAL : pholive
- ORCID : 0000-0003-3161-8367
Jean-Marc Aury
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756899
- IdHAL : jean-marc-aury
- ORCID : 0000-0003-1718-3010
Serge Planes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 740913
- IdHAL : serge-planes
- ORCID : 0000-0002-5689-5371
- IdRef : 070226385
Patrick Wincker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757160
- IdHAL : patrick-wincker
- ORCID : 0000-0001-7562-3454
Résumé
Coral reef science is a fast-growing field propelled by the need to better understand coral health and resilience to devise strategies to slow reef loss resulting from environmental stresses. Key to coral resilience are the symbiotic interactions established within a complex holobiont, i.e. the multipartite assemblages comprising the host coral organism, endosymbiotic dinoflagellates, bacteria, archaea, fungi, and viruses. Tara Pacific is an ambitious project built upon the experience of previous Tara Oceans expeditions, and leveraging state-of-the-art sequencing technologies and analyses to dissect the biodiversity and biocomplexity of the coral holobiont screened across most archipelagos spread throughout the entire Pacific Ocean. Here we detail the Tara Pacific workflow for multi-omics data generation, from sample handling to nucleotide sequence data generation and deposition. This unique multidimensional framework also includes a large amount of concomitant metadata collected side-by-side that provide new assessments of coral reef biodiversity including micro-biodiversity and shape future investigations of coral reef dynamics and their fate in the Anthropocene.
Domaines
Bio-informatique [q-bio.QM]
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