Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution
Martien A. M. Groenen
,
Alan L. Archibald
,
Hirohide Uenishi
,
Christopher K. Tuggle
,
Yasuhiro Takeuchi
,
Max F. Rothschild
,
Claire Rogel Gaillard
(1)
,
Chankyu Park
,
Denis Milan
(2)
,
Hendrik-Jan Megens
,
Shengting Li
,
Denis M. Larkin
,
Heebal Kim
,
Laurent A. F. Frantz
,
Mario Caccamo
(3)
,
Hyeonju Ahn
,
Bronwen L. Aken
,
Anna Anselmo
,
Christian Anthon
,
Loretta Auvil
,
Bouabid Badaoui
(4)
,
Craig W. Beattie
,
Christian Bendixen
,
Daniel Berman
,
Frank Blecha
,
Jonas Blomberg
,
Lars Bolund
(5)
,
Mirte Bosse
,
Sara Botti
,
Zhan Bujie
,
Megan Bystrom
,
Boris Capitanu
,
Denise Carvalho-Silva
(6)
,
Patrick Chardon
(1)
,
Celine Chen
,
Ryan Cheng
,
Sang-Haeng Choi
,
William Chow
,
Richard C. Clark
,
Christopher Clee
,
Richard P. M. A. Crooijmans
,
Harry D. Dawson
,
Patrice Dehais
(2, 7)
,
Fioravante de Sapio
,
Bert Dibbits
,
Nizar Drou
,
Zhi-Qiang Du
,
Kellye Eversole
,
João Fadista
,
Susan Fairley
,
Thomas Faraut
(2)
,
Geoffrey J. Faulkner
,
Katie E. Fowler
,
Merete Fredholm
(8)
,
Eric Fritz
,
James G. R. Gilbert
,
Elisabetta Giuffra
(1)
,
Jan Gorodkin
,
Darren K. Griffin
,
Jennifer L. Harrow
,
Alexander Hayward
,
Kerstin Howe
,
Zhi-Liang Hu
,
Sean J. Humphray
,
Toby Hunt
,
Henrik Hornshøj
,
Jin-Tae Jeon
,
Patric Jern
,
Matthew Jones
,
Jerzy Jurka
,
Hiroyuki Kanamori
,
Ronan Kapetanovic
,
Jaebum Kim
,
Jae-Hwan Kim
,
Kyu-Won Kim
,
Tae-Hun Kim
,
Greger Larson
,
Kyooyeol Lee
,
Kyung-Tai Lee
,
Richard Leggett
(9)
,
Harris A. Lewin
,
Yingrui Li
(10, 11)
,
Wansheng Liu
,
Jane E. Loveland
,
Yao Lu
,
Joan K. Lunney
,
Jian Ma
,
Ole Madsen
(12)
,
Katherine Mann
,
Lucy Matthews
(13)
,
Stuart Mclaren
,
Takeya Morozumi
,
Michael P. Murtaugh
,
Jitendra Narayan
,
Dinh Truong Nguyen
,
Peixiang Ni
,
Song-Jung Oh
,
Suneel Onteru
,
Frank Panitz
,
Eung-Woo Park
,
Hong-Seog Park
,
Géraldine Pascal
(14, 15)
,
Yogesh Paudel
,
Miguel Perez-Enciso
,
Ricardo Ramirez-Gonzalez
(3)
,
James M. Reecy
,
Sandra Rodriguez-Zas
,
Gary A. Rohrer
,
Lauretta Rund
,
Yongming Sang
,
Kyle Schachtschneider
,
Joshua G. Schraiber
,
John Schwartz
,
Linda Scobie
,
Carol Scott
,
Stephen Searle
,
Bertrand Servin
(2)
,
Bruce R. Southey
,
Goran Sperber
,
Peter Stadler
,
Jonathan V. Sweedler
,
Hakim Tafer
,
Bo Thomsen
,
Rashmi Wali
,
Jian Wang
(16)
,
Jun Wang
(11)
,
Simon White
,
Xun Xu
(17)
,
Martine M. Yerle
(2)
,
Guojie Zhang
(11)
,
Jianguo Zhang
(11)
,
Jie Zhang
,
Shuhong Zhao
,
Jane Rogers
,
Carol Churcher
,
Lawrence B. Schook
1
LREG -
Laboratoire de radiobiologie et d'étude du génome
2 LGC - Laboratoire de Génétique Cellulaire
3 TGAC - The Genome Analysis Centre
4 Parco Tecnologico Padano
5 Department of Clinical Genetics
6 The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
7 SIGENAE - Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage
8 Faculty of Life Sciences, Division of Genetics and Bioinformatics
9 SLCU - Sainsbury Laboratory Cambridge University
10 HKU-BGI Bioinformatics Algorithms and Core Technology Research Laboratory [Hong Kong]
11 BGI - Beijing Genomics Institute [Shenzhen]
12 Department of Biochemistry, University of Nijmegen, The Netherlands
13 Molecular Carcinogenesis [Sutton]
14 PRC - Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly]
15 UT - Université de Tours
16 Canadian Light Source Inc.
17 University of Auckland [Auckland]
2 LGC - Laboratoire de Génétique Cellulaire
3 TGAC - The Genome Analysis Centre
4 Parco Tecnologico Padano
5 Department of Clinical Genetics
6 The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
7 SIGENAE - Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage
8 Faculty of Life Sciences, Division of Genetics and Bioinformatics
9 SLCU - Sainsbury Laboratory Cambridge University
10 HKU-BGI Bioinformatics Algorithms and Core Technology Research Laboratory [Hong Kong]
11 BGI - Beijing Genomics Institute [Shenzhen]
12 Department of Biochemistry, University of Nijmegen, The Netherlands
13 Molecular Carcinogenesis [Sutton]
14 PRC - Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly]
15 UT - Université de Tours
16 Canadian Light Source Inc.
17 University of Auckland [Auckland]
Martien A. M. Groenen
- Fonction : Auteur
Alan L. Archibald
- Fonction : Auteur
Hirohide Uenishi
- Fonction : Auteur
Christopher K. Tuggle
- Fonction : Auteur
Yasuhiro Takeuchi
- Fonction : Auteur
Max F. Rothschild
- Fonction : Auteur
Claire Rogel Gaillard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736130
- IdHAL : claire-rogel-gaillard
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- IdRef : 154750417
Chankyu Park
- Fonction : Auteur
Denis Milan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183743
- IdHAL : denis-milan
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- IdRef : 068018940
Hendrik-Jan Megens
- Fonction : Auteur
Shengting Li
- Fonction : Auteur
Denis M. Larkin
- Fonction : Auteur
Heebal Kim
- Fonction : Auteur
Laurent A. F. Frantz
- Fonction : Auteur
Hyeonju Ahn
- Fonction : Auteur
Bronwen L. Aken
- Fonction : Auteur
Anna Anselmo
- Fonction : Auteur
Christian Anthon
- Fonction : Auteur
Loretta Auvil
- Fonction : Auteur
Craig W. Beattie
- Fonction : Auteur
Christian Bendixen
- Fonction : Auteur
Daniel Berman
- Fonction : Auteur
Frank Blecha
- Fonction : Auteur
Jonas Blomberg
- Fonction : Auteur
Mirte Bosse
- Fonction : Auteur
Sara Botti
- Fonction : Auteur
Zhan Bujie
- Fonction : Auteur
Megan Bystrom
- Fonction : Auteur
Boris Capitanu
- Fonction : Auteur
Celine Chen
- Fonction : Auteur
Ryan Cheng
- Fonction : Auteur
Sang-Haeng Choi
- Fonction : Auteur
William Chow
- Fonction : Auteur
Richard C. Clark
- Fonction : Auteur
Christopher Clee
- Fonction : Auteur
Richard P. M. A. Crooijmans
- Fonction : Auteur
Harry D. Dawson
- Fonction : Auteur
Patrice Dehais
- Fonction : Auteur
- PersonId : 744220
- IdHAL : patrice-dehais
Fioravante de Sapio
- Fonction : Auteur
Bert Dibbits
- Fonction : Auteur
Nizar Drou
- Fonction : Auteur
Zhi-Qiang Du
- Fonction : Auteur
Kellye Eversole
- Fonction : Auteur
João Fadista
- Fonction : Auteur
Susan Fairley
- Fonction : Auteur
Thomas Faraut
- Fonction : Auteur
- PersonId : 749003
- IdHAL : thomas-faraut
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Geoffrey J. Faulkner
- Fonction : Auteur
Katie E. Fowler
- Fonction : Auteur
Eric Fritz
- Fonction : Auteur
James G. R. Gilbert
- Fonction : Auteur
Elisabetta Giuffra
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736095
- IdHAL : elisabetta-giuffra
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Jan Gorodkin
- Fonction : Auteur
Darren K. Griffin
- Fonction : Auteur
Jennifer L. Harrow
- Fonction : Auteur
Alexander Hayward
- Fonction : Auteur
Kerstin Howe
- Fonction : Auteur
Zhi-Liang Hu
- Fonction : Auteur
Sean J. Humphray
- Fonction : Auteur
Toby Hunt
- Fonction : Auteur
Henrik Hornshøj
- Fonction : Auteur
Jin-Tae Jeon
- Fonction : Auteur
Patric Jern
- Fonction : Auteur
Matthew Jones
- Fonction : Auteur
Jerzy Jurka
- Fonction : Auteur
Hiroyuki Kanamori
- Fonction : Auteur
Ronan Kapetanovic
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1151189
- IdHAL : ronankapetanovic
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Jaebum Kim
- Fonction : Auteur
Jae-Hwan Kim
- Fonction : Auteur
Kyu-Won Kim
- Fonction : Auteur
Tae-Hun Kim
- Fonction : Auteur
Greger Larson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769740
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Kyooyeol Lee
- Fonction : Auteur
Kyung-Tai Lee
- Fonction : Auteur
Harris A. Lewin
- Fonction : Auteur
Wansheng Liu
- Fonction : Auteur
Jane E. Loveland
- Fonction : Auteur
Yao Lu
- Fonction : Auteur
Joan K. Lunney
- Fonction : Auteur
Jian Ma
- Fonction : Auteur
Katherine Mann
- Fonction : Auteur
Stuart Mclaren
- Fonction : Auteur
Takeya Morozumi
- Fonction : Auteur
Michael P. Murtaugh
- Fonction : Auteur
Jitendra Narayan
- Fonction : Auteur
Dinh Truong Nguyen
- Fonction : Auteur
Peixiang Ni
- Fonction : Auteur
Song-Jung Oh
- Fonction : Auteur
Suneel Onteru
- Fonction : Auteur
Frank Panitz
- Fonction : Auteur
Eung-Woo Park
- Fonction : Auteur
Hong-Seog Park
- Fonction : Auteur
Géraldine Pascal
- Fonction : Auteur
- PersonId : 738247
- IdHAL : geraldine-pascal
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Yogesh Paudel
- Fonction : Auteur
Miguel Perez-Enciso
- Fonction : Auteur
James M. Reecy
- Fonction : Auteur
Sandra Rodriguez-Zas
- Fonction : Auteur
Gary A. Rohrer
- Fonction : Auteur
Lauretta Rund
- Fonction : Auteur
Yongming Sang
- Fonction : Auteur
Kyle Schachtschneider
- Fonction : Auteur
Joshua G. Schraiber
- Fonction : Auteur
John Schwartz
- Fonction : Auteur
Linda Scobie
- Fonction : Auteur
Carol Scott
- Fonction : Auteur
Stephen Searle
- Fonction : Auteur
Bertrand Servin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183571
- IdHAL : bertrand-servin
- ORCID : 0000-0001-5141-0913
- IdRef : 079704646
Bruce R. Southey
- Fonction : Auteur
Goran Sperber
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Peter Stadler
- Fonction : Auteur
Jonathan V. Sweedler
- Fonction : Auteur
Hakim Tafer
- Fonction : Auteur
Bo Thomsen
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Rashmi Wali
- Fonction : Auteur
Simon White
- Fonction : Auteur
Martine M. Yerle
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736056
- IdHAL : martine-bouissou-matet
- IdRef : 253127459
Jie Zhang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 763033
- ORCID : 0000-0002-0530-3954
Shuhong Zhao
- Fonction : Auteur
- PersonId : 947920
Jane Rogers
- Fonction : Auteur
Carol Churcher
- Fonction : Auteur
Lawrence B. Schook
- Fonction : Auteur
Résumé
For 10,000 years pigs and humans have shared a close and complex relationship. From domestication to modern breeding practices, humans have shaped the genomes of domestic pigs. Here we present the assembly and analysis of the genome sequence of a female domestic Duroc pig (Sus scrofa) and a comparison with the genomes of wild and domestic pigs from Europe and Asia. Wild pigs emerged in South East Asia and subsequently spread across Eurasia. Our results reveal a deep phylogenetic split between European and Asian wild boars ~1 million years ago, and a selective sweep analysis indicates selection on genes involved in RNA processing and regulation. Genes associated with immune response and olfaction exhibit fast evolution. Pigs have the largest repertoire of functional olfactory receptor genes, reflecting the importance of smell in this scavenging animal. The pig genome sequence provides an important resource for further improvements of this important livestock species, and our identification of many putative disease-causing variants extends the potential of the pig as a biomedical model