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19 résultats

Recruitment of a Lineage-Specific Virulence Regulatory Pathway Promotes Intracellular Infection by a Plant Pathogen Experimentally Evolved into a Legume Symbiont

Delphine Capela , Marta Marchetti , Camille Clerissi , Anthony Perrier , Dorian Guetta , et al.
Molecular Biology and Evolution, 2017, 34 (10), pp.2503-2521. ⟨10.1093/molbev/msx165⟩
Article dans une revue hal-02620519v1
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Transient Hypermutagenesis Accelerates the Evolution of Legume Endosymbionts following Horizontal Gene Transfer

Philippe Remigi , Delphine Capela , Camille Clerissi , Léna Tasse , Rachel Torchet , et al.
PLoS Biology, 2014, 12 (9), ⟨10.1371/journal.pbio.1001942⟩
Article dans une revue pasteur-01374959v1
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Phage-Plasmids Spread Antibiotic Resistance Genes through Infection and Lysogenic Conversion

Eugen Pfeifer , Rémy A. Bonnin , Eduardo Rocha
mBio, 2022, Ahead of print. ⟨10.1128/mbio.01851-22⟩
Article dans une revue pasteur-03818031v1
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Bacillus subtilis, the model Gram-positive bacterium: 20years of annotation refinement

Rainer Borriss , Antoine Danchin , Colin R. Harwood , Claudine Médigue , Eduardo P. C. Rocha , et al.
Microbial Biotechnology, 2018, 11 (1), pp.3-17. ⟨10.1111/1751-7915.13043⟩
Article dans une revue cea-02291345v1
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Whole genome-based population biology and epidemiological surveillance of Listeria monocytogenes

Alexandra Moura , Alexis Criscuolo , Hannes Pouseele , Mylène M. Maury , Alexandre Leclercq , et al.
Nature Microbiology, 2016, 2, pp.16185. ⟨10.1038/nmicrobiol.2016.185⟩
Article dans une revue pasteur-01415883v1

Experimental evolution of rhizobia may lead to either extra- or intracellular symbiotic adaptation depending on the selection regime

Marta Marchetti , Camille Clerissi , Yasmine Yousfi , Carine Gris , Olivier Bouchez , et al.
Molecular Ecology, 2017, 26 (7), pp.1818-1831. ⟨10.1111/mec.13895⟩
Article dans une revue hal-01607703v1
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PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a partitioned pangenome graph

Guillaume Gautreau , Adelme Bazin , Mathieu Gachet , Rémi Planel , Laura Burlot , et al.
PLoS Computational Biology, 2020, ⟨10.1371/journal.pcbi.1007732⟩
Article dans une revue hal-03089210v1

PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a Partitioned Pangenome Graph

Guillaume Gautreau , Christophe Ambroise , Catherine Matias , Amandine Perrin , Rémi Planel , et al.
Genome Informatics 2018, Sep 2018, Hinxton, Cambridge, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-04356757v1

PanGBank: depicting microbial species diversity via PPanGGOLiN

Guillaume Gautreau , Adelme Bazin , Rémi Planel , Mathieu Gachet , Mathieu Dubois , et al.
JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Poster de conférence hal-04358380v1
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Capsules and their traits shape phage susceptibility and plasmid conjugation efficiency

Matthieu Haudiquet , Julie Le Bris , Amandine Nucci , Rémy A Bonnin , Pilar Domingo-Calap , et al.
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.2032. ⟨10.1038/s41467-024-46147-5⟩
Article dans une revue hal-04492345v1

PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a Partitioned Pangenome Graph

Guillaume Gautreau , Christophe Ambroise , Catherine Matias , Amandine Perrin , Rémi Planel , et al.
JOBIM 2018 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-04355945v1
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Spread of carbapenemase-producing Morganella spp from 2013 to 2021: a comparative genomic study

Rémy Bonnin , Elodie Creton , Amandine Perrin , Delphine Girlich , Cecile Emeraud , et al.
The Lancet Microbe, 2024, 5 (6), pp.e547-e558. ⟨10.1016/S2666-5247(23)00407-X⟩
Article dans une revue hal-04629647v1
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CRISPRCasdb a successor of CRISPRdb containing CRISPR arrays and cas genes from complete genome sequences, and tools to download and query lists of repeats and spacers

Christine Pourcel , Marie Touchon , Nicolas Villeriot , Jean-Philippe Vernadet , David Couvin , et al.
Nucleic Acids Research, 2020, 48 (D1), pp.D535-D544. ⟨10.1093/nar/gkz915⟩
Article dans une revue hal-02990278v1

Complete genome sequence of Flavobacterium indicum GPSTA100-9T, isolated from warm spring water

Paul Barbier , Armel A. Houel , Valentin Loux , Julie Poulain , Jean-François Bernardet , et al.
Journal of Bacteriology, 2012, 194 (11), pp.3024-3025. ⟨10.1128/JB.00420-12⟩
Article dans une revue hal-02643519v1
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Complete Genome Sequence of the Fish Pathogen Flavobacterium branchiophilum

M. Touchon , P. Barbier , J.-F. Bernardet , V. Loux , Benoît Vacherie , et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2011, 77 (21), pp.7656 - 7662. ⟨10.1128/AEM.05625-11⟩
Article dans une revue pasteur-01374942v1
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CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins

David Couvin , Aude Bernheim , Claire Toffano-Nioche , Marie Touchon , Juraj Michalik , et al.
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (W1), pp.W246-W251. ⟨10.1093/nar/gky425⟩
Article dans une revue pasteur-02098389v1
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Author Correction : Parallels between experimental and natural evolution of legume symbionts (vol 9, 2264, 2018)

Camille Clerissi , Marie Touchon , Delphine Capela , Mingxing Tang , Stéphane Cruveiller , et al.
Nature Communications, 2018, 9, ⟨10.1038/s41467-018-07205-x⟩
Article dans une revue hal-02617830v1
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Parallels between experimental and natural evolution of legume symbionts

Camille Clerissi , Marie Touchon , Delphine Capela , Mingxing Tang , Stéphane Cruveiller , et al.
Nature Communications, 2018, 9 (1), pp.2264. ⟨10.1038/s41467-018-04778-5⟩
Article dans une revue cea-01880286v1
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Les applications antibactériennes des bactériophages

Mireille Ansaldi , Pascale Boulanger , Charlotte Brives , Claire Le Hénaff , Laurent Debarbieux , et al.
Virologie, 2020, 24 (1), pp.23-36. ⟨10.1684/vir.2019.0805⟩
Article dans une revue hal-02530998v1